口袋妖怪火红版中存在多种特殊技能，这些技能在战斗和探索中具有独特效果。游戏中的特殊技能不仅包括攻击类技能，还涵盖功能性技能如变身、愿望、心灵互换等。这些技能通过升级、技能教学或特定事件触发获得，部分技能需要玩家完成隐藏任务或挑战特定训练师才能解锁。特殊技能的合理搭配能显著提升战斗效率，尤其在面对高难度对手时发挥关键作用。
游戏中的变身技能允许使用者复制对手的样貌和所有技能，这种策略性技能能在对战中实现局势反转。愿望技能则提供延迟回复效果，在后续回合为使用者恢复大量HP，增加战斗的不确定性。心灵互换可以交换双方特性，改变战场局势。神速作为高优先级攻击技能，能确保使用者先手行动。拍击虽然看似普通，但低消耗和高实用性使其在消耗战中表现突出。这些技能的存在丰富了战斗策略，玩家需根据战况灵活运用。
特殊技能的获取途径多样，部分技能需要通过技能机器（TM/HM）学习。例如一字斩技能（TM01）可在特定位置找到或购买，适用于物理攻击型宝可梦。飞翔技能（HM02）允许玩家快速传送至已访问城镇，但仅限飞行属性宝可梦学习。技能机器分布在地图隐藏区域或由NPC赠送，玩家需仔细探索才能集齐。部分宝可梦在达到特定等级时会自然习得特殊技能，如皮卡丘的十万伏特。
特殊技能的效果受属性克制系统影响。火系技能对草系宝可梦造成额外伤害，但面对水系宝可梦时效果减弱。电系技能对飞行系宝可梦有显著优势，但对地面系完全无效。玩家需掌握属性相克原理，例如使用冰冻光束对抗龙系宝可梦，或利用地震技能打击电系对手。技能威力与命中率的平衡也需考量，高威力技能往往伴随较低命中率，如暴风雪与打雷在特定天气下才能保证命中。
神兽专属技能是特殊技能的重要组成部分。急冻鸟的暴风雪、闪电鸟的打雷、火焰鸟的大字火均具有高威力和附加效果。捕捉神兽时，特殊技能的使用尤为关键，例如通过睡眠或麻痹状态降低神兽逃跑概率。时间球在战斗超过30回合后捕捉率会超过高级球，这种机制鼓励玩家采用持久战策略。神兽技能的学习通常需要完成特定剧情，如击败四天王后解锁的技能教学点。
攻击型技能建议覆盖多种属性，如同时配备雷电拳和火焰拳应对不同敌人。辅助型技能如光之壁能减少特殊伤害，神秘守护可防止异常状态。状态类技能如剧毒和麻痹粉能削弱对手战斗力。技能PP值管理也不容忽视，高消耗技能需谨慎使用。通过合理配置技能组合，玩家可构建适应各种战斗环境的全能队伍。
